牡丹江医学院工会是校党委领导的，由教职工自愿结合的工人阶级的群众组织，是党联系教职工的桥梁和纽带，是教职工利益的代表。工会以《中华人民共和国宪法》和《中华人民共和国工会法》为根本活动准则，按照《中国工会章程》独立自主地开展工会工作。坚持贯彻全国总工会工作总目标和全心全意依靠广大教职工办学的方针，紧紧围绕学校中心工作，始终坚持服务大局，突出维护职能，积极开展工会工作。在落实工会组织的四项职能，参与学校的改革发展建设、人才培养、师资队伍建设、科学研究和社会服务等工作，加强精神文明建设，开展丰富多彩的文化体育活动，为教职工办实事等方面，都做了大量工作，努力把校工会办成广大会员的“教职工之家”。 工会自1958年成立以来，先后召开了六届教职工代表大会，教代会和工会会员代表实行选举制，教代会执委会主席、常务副主席、副主席、秘书长均由教代会代表选举产生。      

   牡丹江医学院教职工代表大会（以下简称教代会）是学校依法保障教职工参与学校事务，维护教职工合法权益，行使民主管理和监督的重要组织形式。教代会在学校党委的领导下开展工作，按照《学校教职工代表大会规定》行使职权。教代会自1999年建立以来，现已召开了六届教职工代表大会，教代会制度不断得到发展和完善，教代会的四项职权得到了落实，民主管理与民主监督在学校的工作中，发挥着越来越大的作用。调动和激发了广大教职工投身学校建设和发展的热情。有力地促进了学校的民主政治建设。教代会的教职工代表实行选举及常任制，教代会常设主席团由教代会选举产生，并受教职工代表大会的委托，在教代会闭幕期间，行使参与学校民主管理的职责和完成有关任务。教代会常设主席团主席、副主席、秘书长分别由教代会常设主席团会议选举产生。工会办公室承担教代会的工作机构的职责。