牡丹江医学院药学院始建于 2003 年，现已成为黑龙江省东南部地区高级药学人才培养基地。近年来，药学人更是抓住机遇、开拓创新、砥砺前行，使药学学科的面貌发生了深刻变化。药学学科是黑龙江省重点培育学科。现有制药工程、药学和药物制剂三个本科专业，其中药学专业为校级重点专业，制药工程专业为校级重点专业和特色专业。2018年获批药学硕士专业学位授予权。药学硕士专业学位研究领域包括：药理学、药物化学、天然药物化学和药剂学四个研究方向。药学硕士专业学位研究生的培养目标，是以药学职业实践为导向，以培养具有良好职业道德，注重学科交叉，具有运用专业知识分析与解决实际问题能力，能胜任药物生产、使用、流通、 监管、服务等领域工作的高层次、应用型专门人才，未来的发展趋势将是以培养药学服务人才为主。药学硕士专业学位培养过程注重坚持理论与实践结合、突出药学实践导向，加强实践教学，注重实际工作能力的培养。
药学学科通过汇集博、硕士优秀人才，加强学科建设，搭建创新平台，形成多学科交叉融合、团结协作、优势互补、竞争有力的教科研团队。目前学科拥有省级教育科学研究团队、牡丹江市领军人才梯队、省级教学名师和校级骨干教师。54人的专任教师队伍，以他们的学识智慧与人格魅力，展示着“四有”教师的崇高风范，其中有黑龙江省卫生系统中青年专家2人；教授11人、副教授16人，博士11人、硕士41人。药学硕士专业学位指导教师20人。
学校十分重视药学专业的学科建设，不断提升办学层次。学科设有黑龙江省药学实验教学示范中心、牡丹江市北药开发实验基地，校级“药物活性组分及功能”研究所，药学实验平台总面积2800余平方米；48个功能齐全实验室，仪器设备总值1500余万元，有液质联用仪等10万元以上仪器设备18台件。目前，上海同联制药有限公司、北京莱瑞森药业、吉林博大伟业、大连辉瑞制药、珍宝岛药业、牡丹江友搏药业、牡丹江灵泰药业等十几家医药企业成为我院实践教学合作单位。
近5年获得国家级、省级科研奖励8项；发表论文200余篇；发明专利7项。教师承担国家自然科学基金、黑龙江省自然科学基金等科研项目60余项，资助金额300余万元。主持省级教学科研项目10余项，获得省级教学成果奖3项。主编参编专著、教材60余部。
药学学科在全体教职工共同努力下，以“团结、求实、奉献、奋进”的精神，始终把“振兴祖国药学事业，培养高层次、应用型药学服务人才”作为神圣使命，坚持理论与实践相结合，为社会培养优秀药学服务人才。同时，药学人更是抓住机遇、开拓创新、砥砺前行，力争在教育质量、科学研究、学科建设、管理水平等方面取得新的更大的进步。